Az MCSZESZ egy érdekképviseleti szervezetként működik, célja ennek értelmében tehát a romániai magyar civil szféra szervezeteinek felkarolása, tevékenységük hatékonyságának és eredményességének növelése. Ennek érdekében a következő célkitűzéseket határozta meg a Szövetség alapító okiratában:

• Esélyegyenlőség megteremtése az információhoz való hozzájutásban, információáramoltatás, információs iroda működése;
• Közvetítés a tagszervezetek és más jogi és természetes személyek számára;
  Hálózatépítése a partnerség elve alapján;
• Belső forrásközpontként való működés, szakmai tudásátadás biztosítása, tréningek, képzések szervezése a nonprofit szféra menedzsmentje, pénzügyvitele, adományszervezés, pályázatírás témakörökben, kiadványok megjelentetése, konferenciák szervezése, valamint szakmai könyvtár létesítése;
• A civil szféra kapcsolatrendszerének kialakítása, bővítése és ápolása a hazai román és külföldi civil szférával;
• A tagok és a civil szféra érdekképviselete és érdekvédelme a közéletben;
  Partnerségen alapuló együttműködés az egyházakkal, a gazdasági és politikai szférával;
• Civil kontroll érvényesítése minden esetben, amikor közösségi érekek sérülni látszanak;
• Civil kontroll érvényesítése a támogatási rendszerek működése felett;
• A civil szférát érintő jogi szabályozások monitorizálása, törvénytervezetek és módosító javaslatok kidolgozása és érvényre juttatása.
•  

A 2005-ös alapítás óta a székhely változtatás mellett (az MCSZESZ az Aurel Suciu 12-ről , a Matei Corvin 4-re költözött), 2008-ban, valamint 2017-ben a Statutumban is történtek változások, egyrészt a tagszervezetek köre bővült 2008-ra (7-ről 135 szervezetre), valamint profitszerző tevékenységeket is végzett a szervezet. 2017-ben két új alpont került be a Statutumba, egyrészt az, hogy a MCSZESZ ifjúsági tevékenységeket is végez, másrészt pedig az, hogy könyvkiadási tevékenységei is vannak.